你说的_点子，其实叫【朋江】(http://naruto.wikia.com/wiki/Tomoe)，就像你说的，通常是在Sharingan上形成的。灵根的特点通常是浅紫色的虹膜，波纹图案遍布眼球，几个著名的挥舞者是痛（虽然不是），长门和马达拉。
回到问题上，回忆一下，佐助得到了一半的【羽生（又名六道圣人）】(http://naruto.wikia.com/wiki/Hagoromo_%C5%8Ctsutsuki)查克拉，从而觉醒了灵根。佐助的灵根很特别，它的前两道波纹之间有6个朋分，这并不代表什么，这说明灵根是**_充满电的_**。你问一般的灵根和充满电的灵根有什么区别？嗯，很简单。像佐助这样充满电的忍术师，可以获得一般忍术师所没有的能力。关于能力，想必你已经知道了。
佐助如果过度使用的话，就不能使用灵根全能力。这时，朋江会消失，使他无法使用它的全部能力。佐助会一直闭着左眼，直到它完全充能。佐助仍然能够使用他的万鬼共享庵与灵根的力量，但在另一只眼睛充电时，不能使用或形成万鬼。（请看图，失去灵根的充电时，右眼的万鬼共享庵是不会形成的，当灵根充满电后又会形成。这一点在火影百科上也有说明。)_
这里可以看到漫画中的情况。
我想事情是这样的，朋江代表了佐助的灵根的电荷。当他过度使用的时候，它们就会消失，他无法发挥它的全部威力。
羽生将自己的部分力量给了佐助，所以他可以激活灵根。马达拉用羽衣的细胞使自己完全像羽衣一样，也就是说马达拉得到了全部部分的灵能，而佐助因为得到了部分查克拉来激活灵能，所以只得到了少量的灵能，
总之，马达拉几乎可以永远使用眼睛，而且是在极致的状态下使用，但是佐助的眼睛需要充电才能完全发挥作用，
在漫画中就有证明。
至于为什么不一样的原因从来没有真正说过，但我们可以推断出原因。
首先，在Naruto中，有三种不同的眼睛。从最弱到最强，分别是byakugan、Sharingan和Rinnegan。所以byakugan会永远保持一个byakugan，但它可以变成一个天赛根（我不记得如何，但这并不重要）。现在说说最重要的灵根和共享根，共享根可以进化成灵根。不过在这之前，需要3样东西：一个完全发育的共享庵，3个富江万景，然后是永恒。
所以至于什么是灵根，基本上就是共享庵和自身特质的混合体，但是共享庵方面只能对宇智波鼬使用。这也是为什么长门不能使用共享庵的效果，但是佐助和马达拉却可以使用的原因。
现在说说为什么佐助的看起来不一样，马达拉把羽生的千手柱间的查克拉和他的结合在一起，这就导致了共享庵的进化，这也算是让共享庵进化的唯一方法，而佐助也做了类似的事情，只不过第六道的贤者给了佐助一半的查克拉，这比羽生的查克拉多了很多。因此，他的眼睛似乎几乎变成了林内共享安。另外，他们的能力之所以不一样，是因为这只是凛涅共享人的工作方式，因为万鬼共享人的工作方式是一样的
我觉得佐助的忍术和大筒木家族的忍术比较相似，如果你看他们的忍术，每个成员的忍术都很独特，而玛达拉的忍术也很普通。所有大筒木的成员都可以穿越时空，我想佐助之所以可以穿越时空，是因为他的忍术是直接通过hagoromos的查克拉得到的，因此他拥有和他们更强的忍术一样的能力，但缺点是他没有他们的忍术。他有类似的东西，他必须有他的眼睛充电，以使用的能力，穿越维度。如果你想知道为什么玛达拉的灵根可以被破坏，而不像萨斯库斯的灵根，那是因为玛达拉有十尾，基本上就是辉夜姬的查克拉。